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养殖期间定期清洗除垢饮水是保证整个养殖期间饮水系统的干净卫生的必要手段，可防止水藻、水垢的产生，保持水质清洁，减少顽固性拉稀和肠毒病等疾病的发生。中农翎翔建议不要等到水线堵塞、畜禽疾病发生或出栏再被动清洗或者消毒水线。
  1、高压水直冲清洗法
  一般定期采用高压水，冲出一些絮状沉淀或悬浮物，但是此法不能对水线充分清洗除垢，使用此法对一些粘稠和坚固的沉淀物冲洗不干净。导致不能杀灭包被在污垢中的微生物，即便饮水进行消毒后水中的微生物仍会回升到消毒前的水平。有必要彻底清除水线内部的污垢，才能彻底解决水质的污染问题。
  2、清洁剂洗涤法水线洗涤
  首先应选择具有的杀毒、清洁双重功效的清洁剂，如过氧化氢、氨水、氯制剂、酸化剂等，尽量选用新一代的清洁剂和净化技术。
  一种方法是用高压水冲洗管道，然后加去垢的消毒剂浸泡6h以上，再用高压水冲洗管道至流出清水为止，能达到充分去垢、消毒双重效果；第二种方法是采用每1~2周用酸化剂浸泡水线6h以上，用清水反冲处理1~2次，但是不能把酸化剂用作水处理的唯一方法，单独使用酸化剂可以造成细菌和真菌在水线中生长增殖；功能型饲料添加剂。第三种方法是使用以过氧化氢为主的粘液清洁剂，洗涤水管内壁的污垢，操作时需正确配制，才能有效地溶解水线中的污垢，应注意过氧化氢刺激性强，为了防止对人员和设备造成损伤，必须严格遵循制剂的操作说明和使用剂量。
  3、去污垢
  水线清洗消毒后，可用除垢剂或酸化剂产品去除其中的污垢，保持水线洁净。若需用水线用药，则在饮水管线投药前后须对饮水系统进行清洗。饮水投药前，前2d对饮水系统进行彻底清洗（刚消毒后的饮水系统更应彻底冲洗），以免残留的清洗消毒药物影响药效；投药结束后应对饮水系统进清洗，可以防止粘稠度较大的药物粘连于饮水管表面，滋生氧化膜；还可防止营养药物（如电解多维、复合氨基酸等）残留饮水中，滋生细菌。