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马树镇地处两市(昭通、曲靖)、两县(会泽、巧家)、六乡镇(炉房、大桥、迤车、老店、铅厂、崇溪)结合部，号有巧家“东南大门”之称，国土面积291.2平方公里，森林履盖率达47%。马树镇辖8个村民委员会，3万余人，马树主要由两大山系(磨盘山、老黑箐梁子)、两河(马树河、小河塘河)、一个坝子(马树海坝)构成西南高、东北低的缓坡倾斜地带。

地处马树镇大海子的马树湿地自然保护区，位于巧家县东南部，距县城60公里，距镇中心约４公里，海拔2400米，保护区面积403公顷，是重要水禽栖息地；内有珍稀动物黑颈鹤、斑头雁、绿头鸭、黄鸭、苍鹭、白鹭等；每年农历9月初，黑颈鹤便陆续迁徙到这里过冬，次年农历3月初迁徙走。