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这或许与它们的加工方式有关。卫生学上，通常用菌落总数可以指示食物受细菌污染的程度，继而判断食物是否发生腐败。《食品安全国家标准燕窝及其制品（征求意见稿）》规定，非商业无菌的即食（鲜炖）燕窝菌落总数应该≤1万CFU/g；《T/CPCS 001-2018 即食燕窝》团体标准则较为严格，规定即食（鲜炖）燕窝应当符合商业无菌的要求。

目前，鲜炖燕窝主要采取湿热灭菌的方式杀菌，其中，低温炖煮和高温炖煮两种加工方式都属于湿热灭菌。低温炖煮的加热温度一般低于100℃，通常为95℃或98℃；高温炖煮的加热温度则在100℃以上，通常为105℃、115℃或121℃。从温度而言，高温炖煮更能杀灭产品中的微生物，安全性高；低温炖煮无法有效杀菌，尤其是耐热型的芽孢杆菌，存在一定安全风险。

生物学资料显示，菌落总数过高，食品中的微生物繁殖速度会加快，尤其是在炎热的夏天，容易引起食品腐败、变质，消费者食用后可能出现腹泻、呕吐、腹痛等症状。